ቤተክርስቲያን ማለት መዋቅርና አሠራር ያለው መንፈሳዊ ተቋምም ነው፡፡
ቤተክርስቲያን የሚለው ቃል የቤተክርስቲያንን “ተቋማዊ ሰውነት” የሚያሳይም ነው፡፡ ይህም ከላይ የተጠቀሱትን ሁሉ የሚያጠቃልል ሲሆን የተቋሙን አጠቃላይ መዋቅርና መንፈሳዊ አሠራሩንም ያመለክታል፡፡ ለምሳሌ “የኢትዮጵያ ኦርቶዶክስ ተዋህዶ ቤተክርስቲያን” ወይም “የግብፅ ኮፕቲክ ኦርቶዶክስ ቤተክርስቲያን” ሲባል በአጠቃላይ ያለውን ቤተክርስቲያን እንደ ተቋም የሚገልጽ ነው፡፡ ይህም ከፓትርያርኩ እስከ እያንዳንዱ ምዕመን፣ ከቤተክህነቱ እስከ እያንዳንዱ አጥቢያ ቤተክርስቲያን፣ ከቅዱስ ሲኖዶስ እስከ ሰበካ መንፈሳዊ ጉባዔ አስተዳደር ያለውን የሚያጠቃልል ነው፡፡ በዚህ ትርጉም ከጥንት ጀምሮ የነበረችውን፣ አሁንም ያለችውን ወደፊትም የምትኖረውን ቤተክርስቲያን የሚገልጽ መሆኑን እንረዳለን (ማቴ 16፡18 ኤፌ 5፡23-27)፡፡
አንዳንድ ወገኖች “ቤተክርስቲያን” የሚለው ቃል “ሕንፃውንና ተቋሙን” አይመለከትም ይላሉ፡፡ እነዚህ ወገኖች ቤተክርስቲያን ማለት እያንዳንዱ ክርስቲያንና የክርስቲያኖች ህብረት መሆኑን ግን ይቀበላሉ፡፡ መጽሐፍ ቅዱስ ግን አራቱንም ትርጉሞች ነው የሚያሳየን፡፡ እዚህ ላይ ማስተዋል የሚያስፈልግ ነገር አለ፡፡ እያንዳንዱን ሰው ክርስትናን እንዲቀበል ጠብቆትም እንዲኖር ለማድረግ (ቤተክርስቲያን እንዲሆን) ቢያንስ የሆነ መንፈሳዊ አደረጃጀትና አሠራር ያስፈልጋል፡፡ ክርስቲያኖችም በአንድነት በህብረት እንዲገኙ ቦታና አስተባባሪዎች እንዲሁም የእግዚአብሔርን ቃል የሚያስተምሩ መምህራን ያስፈልጋሉ፡፡ እነዚህ መምህራንም የሚማሩበት/የሚሠለጥኑበት ትምህርት ቤት ያስፈልጋል፡፡ እኛ እንግዲህ ቤተክርስቲያን የሚለው ቃል ትርጉም ሕንፃውንና ተቋሙንም ያጠቃልላል ስንል መጻሕፍት የገለጹትን እውነት፣ ሊቃውንት ያስተማሩትን ምሥጢር በማገናዘብና ከሌሎቹ ሁለቱ ትርጉሞች ጋር የማይነጣጠሉ ስለሆኑም ጭምር ነው፡፡
በሌላ ምሳሌ “ቤተሰብ” ማለት የአንድ ቤት ሰዎች፡ በአንድ ባለቤት የሚተዳደሩ እና በአንድ ቤት ውስጥ የሚኖሩ ማለት ነው፡፡ በቤተሰብ ውስጥ እያንዳንዱ የቤተሰብ አባል፣ የአባላቱም አንድነት/ቤተሰባዊነት፣ የሚኖሩበት ቤትና የቤተሰቡ አስተዳደር/አመራር (ቤተሰብ ተቋም ነውና) አሉ፡፡ ቤተክርስቲያንም ማለት አንዲሁ ነው፡፡ በመጀመሪያዋ ቤተክርስቲያን (የማርቆስ እናት ቤት) አራቱም የቤተክርስቲያን ትርጉሞች ተገልፀዋል፡፡ እያንዳንዳቸው ሐዋርያት፣ የሐዋርያትም አንድነት፣ የተሰበሰቡባት ቤትና ከሌላው ዓለም ተለይተው ክርስቲያን መባላቸው አራቱን ትርጉሞች ያስረዳል፡፡